Negli anni immediatamente seguenti alla morte di santa Chiara, avvenuta l’11 agosto 1253, la primitiva comunità clariana si trasferì dal Monastero di San Damiano, situato nella campagna di Assisi, entro la cinta di mura della città. Il monastero, edificato a fianco della basilica che custodisce il corpo della Santa, ricevette il titolo di Protomonastero dal Papa san Pio X nel 1912, ricorrendo il VII centenario della fondazione dell’Ordine.

La storia della primitiva espansione dell’Ordine delle Sorelle povere si mescola a quella dell’Ordine di San Damiano voluto da papa Gregorio IX per riunire i vari cenobi di donne penitenti diffusi in Italia e nel continente europeo: da esso però si distinse sempre per la pratica della povertà radicale, nella rinuncia a ogni possedimento e proprietà.

La povertà fu per Chiara fondamentale condizione per la sequela di Cristo e per l’affidamento fiducioso alla Provvidenza del Padre: l’ideale della perfezione evangelica attrasse molte donne. Fra esse la santa principessa Agnese di Praga, figlia del Re di Boemia, che fu per Chiara “figlia e sorella carissima”. Agnese entrò nel monastero di Praga, dedicato a San Francesco, da lei stessa fondato. Divenuta abbadessa, chiese al Papa di poter osservare la vita povera e fraterna vissuta da Chiara e dalle sue sorelle a San Damiano. Della corrispondenza fra le due sante, la tradizione manoscritta ci consegna quattro lettere di Chiara, che testimoniano anche l’intimo rapporto sponsale di Chiara con il Signore Gesù.

Chiara ottenne l’approvazione della sua Regola il 9 agosto 1253, due giorni prima della morte, avvenuta l’11 agosto. Nel novembre del medesimo anno fu istituito il Processo di Canonizzazione: furono raccolte le testimonianze delle sorelle e di alcuni secolari che sono giunte fino a noi. Chiara venne proclamata santa nel 1255.
A distanza di 10 anni, nel 1263, papa Urbano IV impose a tutto l’Ordine di San Damiano la Regola composta da lui stesso sullo schema dei precedenti ordinamenti papali e rinominò il movimento Ordine di santa Chiara. Ma, nonostante l’abolizione della Regola di santa Chiara, il carisma della santa non si estinse.

Fu soprattutto nel secolo XV, in seno al grande movimento dell’Osservanza francescana, che i monasteri clariani in Italia, da Bologna alla Sicilia, aiutandosi mutuamente, promossero la riscoperta del carisma e la riforma dell’Ordine. Un numero considerevole di sante e di mistiche segna questa epoca, manifestando il legame invisibile ma inscindibile con il cuore dell’esperienza cristiana di Chiara e la sua pedagogia spirituale: santa Caterina da Bologna, sant’Eustochia di Messina, santa Camilla Battista da Varano.

La presenza delle clarisse in Trentino copre un ampio arco di anni che va dal secolo XIII al XIX. Quattro monasteri tennero viva per oltre 600 anni la fiamma del carisma clariano accanto a quello francescano: San Michele (divenuto poi Santa Chiara) e Santa Trinità a Trento, San Carlo a Rovereto e Sant’Anna a Borgo. Poi, seguendo la sorte di altri ordini religiosi, anche i monasteri trentini subirono la soppressione decretata da Giuseppe II d’Austria. Solo nel 1984, attraverso la fondazione del Monastero San Damiano da parte del Protomonastero Santa Chiara di Assisi, l’Ordine delle Sorelle povere e il carisma di Chiara hanno iniziato a rivivere in terra trentina.

Nel XVII secolo, in Trentino, si distinse la figura della venerabile Giovanna Maria della Croce (al secolo Bernardina Floriani) di Rovereto che, favorita da Dio di grazie mistiche, è una splendida testimone della misericordia di Dio per ogni uomo.

Nel 1642 insieme a un piccolo gruppo di compagne, Giovanna Maria iniziò una vita ritirata nell’oratorio accanto alla chiesa di San Carlo. La casa ritirata ottenne il riconoscimento pontificio di monastero nel 1650, anno in cui Bernardina poté vestire l’abito di clarissa prendendo il nome di Giovanna Maria della Croce, professando la regola di papa Urbano IV con la facoltà, concessa da papa Innocenzo X di redigere delle Costituzioni. In queste Costituzioni, approvate dalla Sede apostolica nel 1665, Giovanna Maria poté rendere presente nel suo monastero, e poi in quello di Borgo, la dimensione carismatica originaria della povertà. Altro elemento centrale di esse era l’aspetto claustrale, in attuazione della riforma tridentina. Negli ultimi anni della sua vita Giovanna Maria avviò la fondazione del monastero Sant’Anna di Borgo Valsugana. Morì a Rovereto il 26 marzo 1673.

Assisi però, con il suo Protomonastero, è sempre rimasto il cuore pulsante dell’Ordine che nel corso del tempo ha fondato, in Italia e all’estero, diverse comunità clariane.
Solo nell’ultimo secolo ha dato vita a cinque fondazioni: in Italia, nel 1914 ha fondato il Monastero Sacro Cuore di Alcamo e nel 1944 il Monastero Santa Chiara di Milano. Entrambe le date testimoniano il coraggio di dare la vita in un periodo storico non facile, come fu quello delle due guerre mondiali.
La sensibilità missionaria ha portato ad aprire alla Chiesa dell’America Latina: nel 1977 ha preso vita il Monastero Sancta Clara di Ciudad Dario in Nicaragua. Successivamente è stata la volta dell’Africa: nel 1982 è iniziata la fondazione del Monastero Sancte Claire di Kamonyi in Rwanda. A sua volta la comunità di Ciudad Dario ha aperto diverse fondazioni: in Honduras (1987), in Costarica (1996), e due in Nicaragua (2002 e 2008). Il monastero dell’Honduras, a sua volta, nel 2002 ha fondato un altro monastero nella medesima nazione. Anche il monastero del Rwanda ha aperto due fondazioni: la prima sempre in Rwanda (2004) e la seconda in Burkina Faso.
Due anni dopo la fondazione in Rwanda, nel 1984 il Protomonastero ha aperto quella di Borgo Valsugana.